Bordetella pertussis e B. parapertussis
A presença de Bordetella pertussis ou B. parapertussis estabelece o diagnóstico de coqueluche. Uma história de vacinação não é contra-indicação para o exame. Como o exame é realizado, na maioria das vezes, em crianças, deve-se utilizar swab fino e flexível que atinja a faringe posterior através das fossas nasais, local de eleição para a recuperação da Bordetella sp.. Adicionalmente, a amostra deve ser colhida na fase inicial da doença e antes da antibioticoterapia.